Если вы отнесете телефон с установленными рут правами, то вы лишитесь гарантии.
По поводу отмены рут прав или возвращении на заводкую версию прошивки, то все зависит от способа их получения: некоторые увеличивают так называемый счетчик кастомных прошивок и, если он отличается от нуля, то это также является основанием для снятия вас с гарантийного обслуживания.