Вариант решения на Samsung Galaxy Note 4 (рут-прав нет, прошивка официальная, всё делается в обычном режиме, не в безопасном):
Перед установкой любого приложения идём <Настройки> – <Диспетчер приложений>. В выпадающем меню справа выбираем <Приложения, отображаемые сверху>. Далее в меню слева <Приложения с разрешениями>. Отключаем все разрешения, ставим приложение, запускаем, даём необходимые разрешения, снова включаем разрешения у остальных программ. Те же действия, если разрешения запрашивает уже установленная программа.
Я на всякий случай включаю все разрешения (кроме отключнных неиспользуемых программ), сначала пытался сортировать разрешения, но столкнулся с ситуацией, когда нужно было срочно писать сообщение, а стандартное приложение Контакты запросило разрешение отправлять и просматривать сообщения (маразм!), и пришлось заново прогонять все отключения-подключения.
В этой теме писали, что глюки с наложениями появляются после установки определённых программ – пока не подтвердилось, данный вариант решения ни разу не дал сбоя, никакие программы не отключаю, любые приложения ставятся и работают без проблем, не считая случая, когда какая-то программа не проверена на разрешения сразу после установки. Единственная сложность: пока отключены разрешения - не работают никакие программы, которым нужны эти разрешения для корректной работы (что и логично), например PieControl, PoverLine или All in one Gestures. После включения разрешений некоторые из них приходится первый раз запускать заново вручную.
Всё это, конечно, долго, нудно, непонятно зачем, но способ работает, проверено после двух сбросов телефона на заводские настройки и последующих установках необходимых программ.
Проверить на других моделях телефонов не было возможности, пробуйте примерно тот же принцип.
Здесь же в ответах встречались очень похожие рекомендации, так что сорри, если расписал слишком подробно, практически никогда не писал на форумы.
Кстати, кто-нибудь знает, в чём тут повышение безопасности по мнению разработчиков Андроида, кроме укрепления (или расшатывания 
) нервной системы пользователей телефонов?
