Какой у Вас антивирус? Мой не ругается (Symantec Endpoint)
Многие соверуют перед прошивкой отключать файрволы и антивирусы, т.к. антивирусные программы часто находят ошибочно вирусы в файлах, необходимых для root.
Причина этому - эксплоиты (программы, использующие ошибки ПО), использующиеся для получения ROOT. Root же сам по себе не совсем законен.