Некоторые программы устанавливают кэш и некоторые файлы только именно в память телефона. К примеру, в процессе работы создаются файлы настроек пользователя, временные файлы для ускорения последующей работы и т.д. - именно эти файлы и "засоряют" вашу основную память. Есть возможность перемещать эти хвосты и рабочие файлы некоторых программ на карту памяти через специальные скрипты, но это трубет рут-прав. Можете ознакомиться с данным методом в нашей базе ответов.
P.S. Избавиться от рут достаточно просто - всего лишь прошиться обратно на заводскую прошивку.
