Добрый день!
Если Мультидоунлоадер не видит телефон в режиме отладки USB, отключите отлаку. Попробуйте оба варианта.
Киес не нужен, но должны быть установлены все драйверы для иелефона.
Флешку вынимать нет необходимости.
Данные потеряны не будут.