Добрый день.
Возможно проблема в самой симкарте. Проверить можно следующим образом: зайдите в Контакты/Настройки/Импорт и скопируйте контакты с симкарты в память устройства на ваш Андроид-аккаунт (если его еще нет, то предварительно нужно зарегистрировать: Настройки/Аккаунты/Добавить Google-аккаунт).
После этого Контакты/Настройки/Фильтр контактов и выберите ваш Андроид-аккаунт.
Если после этого контакты не будут пропадать, то дело было в симкарте.