Попробуйти зайти в Настройки\Управление Приложениями\СуперПользователь - Очистить кэш. После этого удалить старую версию.
Но, как мне кажется - у вас слетел сам Root (программа СуперПользователь сама по себе рут не дает, она позволяет получать доступ к скрытым возможностям, используя уже готовый Root).
