Тогда варианта 2:
1. Легкий - сделайте сброс настроек до заводских установок, но при этом все данные в памяти будут удалены.
2. Снова удалить Скайп. Получить рут права, поставить программу RootExplorer и вручную найти "хвосты" от Skype и удалить их. Затем поставить заново.