Добрый день!
Для начала установите root права чтобы получить полный доступ к файловой системе. Далее пройдитесь по всем вложенным папкам в папке /system/audio (а лучше скачайте ее на компьютер и прослушайте все файлы). Один из файлов в этой папке как раз и проигрывает тот самый звук. Удалите его или замените другим, более тихим.
Не волнуйтесь, все звуки в Андроид находятся в файлах, генерировать сигнал определенной часосты в динамик невозможно.